設計用于合成結構上類似DNA或RNA的寡核苷酸的自動化儀器。一般應用于固相合成法，每次將一個核苷酸加到所接長的寡核苷酸鏈上，加入每一個核苷酸都利用相同的化學反應與相應的嘌呤或嘧啶堿基衍生物作用。所用化學反應和操作細節隨不同的儀器而改變，*廣泛應用的方法是DNA合成的磷酸酰胺法。
即DNA3'端固定于基質上，然后沿3'向5'方向依此添加核苷酸直至合成所需的DNA片段。不同于應用DNA聚合酶的DNA合成。
**個堿基的3‘末端固定在樹脂上，下一個堿基的5’-OH用二對甲氧三苯甲基DMT保護，堿基上的氨基用苯甲酸保護，然后對3‘-OH用氨基磷酸化合物進行活化。
1。1個堿基的5’-OH和下個堿基的3‘-OH形成亞磷酸三酯，
2。然后用碘氧化成磷酸三酯，
3。加入二***除去**個堿基5’-OH上的保護劑DMT循環進行加入下一個堿基。
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